La ville a été fondée en 1958 et faisait partie de la région de Boukhara. Elle a été créée en tant que centre minier pour l'extraction d'éléments des terres rares, de métaux précieux et d'uranium.

La ville a été nommée Navoi en l'honneur du célèbre poète et philosophe ouzbek Alisher Navoi. Elle compte environ 136'000 habitants.