Озеро Иссык-Куль имеет длину 182 км, максимальную ширину 60 км и занимает площадь 6,236 км². Это делает его вторым по величине горным озером в мире после озера Титикака. Расположенное на высоте 1,606 м, оно достигает глубины 668 м.
В озеро впадают около 118 рек и ручьев. Самые крупные — Джыргалан (Джергалан) и Тюп. Оно питается источниками, включая многие горячие источники и талые воды, и не имеет стока. Южная сторона озера доминирует горным хребтом Тянь-Шань с дикой красотой. Вода озера слегка солоноватая, и уровень снижается примерно на 5 см в год.
Озеро Иссык-Куль — важная точка на Шелковом пути, дороге из земли для путешественников с Дальнего Востока в Европу. Многие историки полагают, что озеро было отправной точкой чумы, поразившей Европу и Азию в начале и середине 14-го века. Статус озера как места пересечения для путешественников позволил чуме распространяться по континентам через средневековых купцов, которые неосознанно уносили с собой зараженных паразитов. Армянский монастырь из 14-го века был найден на северо-восточном побережье озера, следуя шагам средневековой карты, использованной венецианскими купцами на Шелковом пути.
