Город был основан в 1958 году и входил в состав Бухарской области. Он был создан как горнодобывающий центр для добычи редкоземельных элементов, драгоценных металлов и урана.

Город был назван Навои в честь известного узбекского поэта и философа Алишера Навои. Она насчитывает около 136 000 человек.